ストリーミング機能使用時のファイルの順番がばらばらになってて順番に読めません。
ファイルのソートは更新日時順になってるのですか？
ファイル名でソートできる様にして頂けるとありがたいです。

私も同様の現象が発生しております。どうもsambaを利用したファイルサーバにて起きる現象のようです。
http://wiki.samba.gr.jp/mediawiki/index.php?title=J701

CGMediaServerの方でソートする機能を含んでもらえると助かります。

ご要望リストに入っているようですが
（http://comicglass.net/s/?id=1335106549_0977）
自分としても、是非早め導入をお願いしたいです。

ご指摘ありがとうございます。

今はまったくソートを行っておらず、インデックス順序どおりになっています。
近々ソートを追加しますので、申し訳ありませんがしばらくお待ち下さい。