iPad airでNAS上（Buffalo Linkstation）のPDFが入っているフォルダにアクセスすると、「サイトにダウンロードできるファイルがありません。」と表示されます。
同じフォルダにjpegやzipを入れると見れるので、pdfのみ認識しない状況です。

自分で色々調べましたが、もしかすると対応してないというのが結論でしょうか？

申し訳ありません。ファイル種別の判別のミスがありました（バグです）
FTP接続のとき、PDFファイルを本として認識しません。

次バージョンで修正しますので申し訳ありませんがよろしくお願い致します。