アップデート後から、読んでいたファイルの履歴が残らず「途中から再開」や、「フォルダ内の最後に読んだファイルのマーク」がなくなってしまいました。
また、その後、サムネイルが表示されなくなってしまいました。
設定の中にも項目が見つからないのですが仕様でしょうか？

ご不便おかけします。

確認しましたが、再現できませんでした。
設定でファイルリストの形式が「シンプル」になっていませんでしょうか？

シンプルになっていました。
しかし、詳細に設定し、ファイルを入れなおして、一度アプリをタスクから切ったり、ダウンロードしなおしても、中途再開やサムネイル表示はされませんでした。
何か他に原因として考えられるものはありますか？

ご確認ありがとうございました。

iOSのバージョンとデバイスの種類を教えていただけますでしょうか。
こちらでも同じ環境で試してみます。

もし可能であればアプリを一旦削除し、再度インストールしていただくことは可能でしょうか？
（ファイルが消えます。PCにファイルが残っていない場合はご注意ください。最初の購入時と同じAppleIDで再インストールして頂ければ料金はかかりません）

よろしくお願いいたします。

iOS:7.0.4
デバイス:iPhone5S

アプリは2度ほどダウンロードし直したのですが、結果は変わりませんでした。
確認よろしくお願いします。

ありがとうございます。

確認します。