こんにちは何時もcomicglass 利用させていただいてます
設定にある分割を左右入れ替えとは単純に左右のページを逆にする(漫画では左に若いページをもってくる？)機能と考えていいのでしょうか？
そうであるならどうもこれが機能していないようです
私になにかミスがあるかもしれません
回答お願いします。

iPad mini Retina 使用

私でいいなら答えますが
分割を左右入れ替えの「分割」とは
設定のすぐ上の項目の、見開きの分割ですね。
これは表紙をそのまま分割すると後ろ前になってしまうことがあるので、それを入れ替えるということだと思います。

おかさんありがとうございます。

設定項目はわかりづらい点があり申し訳ありません。

「分割」はおかさんのおっしゃる通り、横長の画像を左右に分割する機能です。
（見開きスキャン用）
このとき、分割したものの左右を入れ替える機能が分割入れ替えになります。

用途はいろいろですが、主に縦書コミックを英語等横書き言語に翻訳した時など、ページ順序と見開きの順序が逆になるときなどに利用します。