初めまして。
iPhone6、iOS9.1で使用しております。
タイトルの通りなのですが、新規フォルダー作成時に、以前は行えていた、フォルダー長押しからのパスコード設定への繊維が行えません。
現在、パスコードロックされたフォルダーを開くとクラッシュする問題が報告されているようですが、それとは別案件の可能性がありますので、ご報告も兼ねて質問させていただきます。
もし情報をお持ちの方がいらっしゃいましたら、ご教示ください。

繊維→遷移でした。
失礼しました。

参照先にて、開発者さんも確認していて調査中だそうです。上部にある本棚・リスト切り替え(見えていなければ下にスワイプ)をリストにして「i」ボタンを押すと設定画面が開くので、とりあえずそれで設定はできます。設定後は本棚表示でもパスコード入力になります。

どらっちさん、ご回答ありがとうございます。
また、お返事が遅くなりまして、申し訳ありませんでした。
開発者様による改良版が公開されるまで、教えていただいた方法で設定を行いたいと思います。
ありがとうございました。

確認遅くなっており申し訳ありません。

3D-Touchの関係で仕様が変わったことによる不具合と思われますが、確実に再現できておらず難航しております。
発生しているという情報だけでも助かります。