ComicGlassを利用させていただいております。
今回、Backup

１．PCで以下のファイルをダウンロード。
"ComicGlass Sync&Backup Server 1.31 (zip)"
２．Dドライブ（CはOS関連のファイル以外をできるだけ入れないようにしています）に解凍し、"cgSyncGui.exe"を実行。
３．"Backup folder"と"Sync folder"に新規作成したフォルダを指定。
４．ipadで"ComicGlass"を起動し、"リモート＞バックアップ＞バックアップサーバーリスト"の"***-PC"を選択。
５．"バックアップ＞新規バック"アップ"をタップ。
以上の手順後、"保存されたバックアップはありません。"

途中で送信してしまったため、再度返信にて質問させていただきます。
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ComicGlassを利用させていただいております。
今回、Backup機能を使用しようと試みたところ、うまく実行できなかったため、質問させていただきます。

１．PCで以下のファイルをダウンロード。
"ComicGlass Sync&Backup Server 1.31 (zip)"
２．Dドライブ（CはOS関連のファイル以外をできるだけ入れないようにしています）に解凍し、"cgSyncGui.exe"を実行。
３．"Backup folder"と"Sync folder"に新規作成したフォルダを指定。
４．ipadで"ComicGlass"を起動し、"リモート＞バックアップ＞バックアップサーバーリスト"の"***-PC"を選択。
５．"バックアップ＞新規バック"アップ"をタップ。
以上の手順後、"保存されたバックアップはありません。"というダイアログが表示されます。ダイアログの"OK"をタップすると、"バックアップ"、"バックアップから復元"、"PCに同期"の画面に戻ります。

また、"PCに同期"をタップすると、PCのSync folder内のファイルがComic Glassの"ダウンロード"フォルダにダウンロードされ、こちらは正しく作動しているようです。

ミケさんの作成された"ComicGlassデータ同期ツール"を試したところ、"バックアップ"は実行でき、PCのバックアップフォルダ内にcszファイルは作成されましたが、"バックアップから復元"をタップしても"ファイルリストを受信中..."と表示されたまま、"中止"をタップするまで何も変化しません。

現状は異常です。
なにか解決策があれば教えていただけませんでしょうか。

ご不便おかけ致します。

よくある原因は、フォルダに書き込み権限がないことですが、新規作成されたフォルダということですので違いますよね。
よろしければWindowsのバージョンを教えていただけますでしょうか。
また、お手数ですが、フォルダ名を変えて（簡単な名前にして）お試しいただけますでしょうか。

横から失礼します。先ほどまで同じ問題にはまっておりましたが、試行錯誤した結果、下記の事がわかりました。

異なるバージョンのComicGlassをインストールしてある端末が２台ある場合に限りますが、

・何も入っていないiPhone 6s（iOS9.0.1 アプリVer.8.71）から「新規バックアップ」を実行
→空のバックアップが作成された
・iPad Air(iOS7.0.4 アプリVer.8.74)で「既存のバックアップを更新」して上書き
→バックアップが進行しました。

問題解決の参考になれば幸いです。

ありがとうございます。

SyncServer側の問題と思われます。確認致します。