以前までは、BOOKファイルの左に青い○があって、未読は塗りつぶした青、読書中は半分塗りつぶし、既読は塗りつぶしなしという風に表示され、読書中のものを開くと、途中のページから再開するという利用ができていました。
しかし、今日使ってみると、ファイルの左に白い四角が表示されていて、未読、既読の判別ができなくなっており、更に読書中のファイルを開きなおしてもはじめのページから表示されてしまいます。

どこか設定がおかしいのでしょうか？
ご解答よろしくお願いします。

BOOKファイルをいったん削除して、再度入れなおしたら正しく動作しました。

ifunboxでフォルダ移動を行ったせい？でパーミッションがおかしくなっていたのかもしれません。

返信が遅くなりまして申し訳ありません。

おそらく設定ファイルが破損するなどしたと思われます。
既に対応していただいたように一度削除して頂くと助かります。