バージョンアップ後、ウェブ上のpdfをダウンロードしComicGlassで開いてすぐにページを戻る操作を行い、閲覧ファイルを変更したところ、多数ファイルが喪失していました。（全消去ではなく一部残っているものもあります）
iFunBoxで確認したところ、実際にファイルが存在していないようです。
長らくバックアップを取っていないのでPCからの復旧が困難なのですが、どこか別ディレクトリに移っている可能性はないでしょうか。
よろしくお願いします。

ComicGlassをご利用ありがとうございます。

ダウンロードフォルダに入っていたファイルでしょうか？
ダウンロードフォルダは容量不足時等にOSにより自動的に削除されることがあります。

これはiOSの仕様で、かつネットワークからダウンロードしたファイルはバックアップ対象にしてはいけないというアップルのアプリ審査基準があり大変困る仕様ではあるのですが回避できないのが現状です。
大変申し訳ありませんが、バックアップが必要なファイルはダウンロードフォルダから手動で移動して頂く必要があります。

ご期待に添えず申し訳ありません。

もし別の条件のファイルが消えているようでしたら、お手数ですが、保存場所や操作手順等を差し支えない範囲で教えて頂けると大変助かります。