ComicGlass Version 9.05.4
iOS 10.0.1
です。タイトル通りです。
本を読んで閉じて一覧表示に戻ると、
読む前の配置と変わってしまいます。
だいぶん前のバージョンはそういうことは無かったのですが。

ご不便おかけ致します。

ファイルリストのソート順が日付（ブックマーク順）になっていませんでしょうか？
日付順ソートに一部問題があり、復元後などファイルの日付が同一の日付になっているとソートが安定しません（毎回変わる）。こちらの問題は対応予定です。
ソート順序をファイル名順にして頂くと以前と同等の並び方になります。
お手数ですが一度ご確認お願いいたします。

ありがとうございます。
詳細設定にて、
ソート順：ファイル優先
ソート方法：Legacy (以前はComicGlass Glassic)
ですが、毎度順番が変わります。
この他にソートの設定があるのでしょうか？
また毎度バラバラになるというより、２つのパターンをトグルしているように見えます。
パターン1：正常(ファイル名の通り）
パターン2：よくわからないけどバラバラ（だけど毎回同じバラバラ具合）

情報ありがとうございます。

ソートのタイプ（ファイル一覧上の"Name/Date/Bookmark/Status/User"はどれを選択されていますでしょうか？
降順昇順どちらになっているかもわかると大変助かります。

Userモードの場合にご指摘のような不具合がおきるようなので、原因を調査しております。
何度も申し訳ありません。よろしくお願いいたします。

おっしゃるようにUserモードでした。
ここは全く意識していませんでした。
▲UserだとOKで、ファイル名の順に並んでいました。
▼UserはNGでした。

補足です。
▲でも現象としては同じでした。
一度、あるファイルを開いて閉じるとバラバラになります。
上の投稿の内容は、Userをタップして、▲Userと▼Userを
切り替えたときの動作でした。

すみません、更に補足です。
▼Nameだと1,2,3と並びます。そこから、
▼Userにするとバラバラ→▲Userで1,2,3に並びますが、
Statusとかを経由して再度、▲Userにすると1,2,3とはならずバラバラです。こうなってしまうと、▲Userと▼Userを切り替えてももう1,2,3とはなりません。
次に、再度▼Nameを経由してから、▲Userにするとまた1,2,3となります。
Userモードは、一度経由したモードに引きずられている感じです。

情報ありがとうございます。

頂いた情報と元に検証しましたところ、ソート処理の問題で、同列のソート順になった際に正しくソートされない不具合があることがわかりました。
おそらくこれが原因と思われます。
手元では修正完了しました。次バージョンで反映致します。

ご報告ありがとうございました。

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名前順ソートということでこちらに失礼します。