iPhoneから新しいiPhoneへ機種変更をし、itunesでバックアップの復元を行いましたが表紙とフォルダのみで新しいiPhoneにデータが移行されてません。どうすればよろしいでしょうか？

ご利用ありがとうございます。

Appleのアプリの規定により、ネットワークからダウンロードしたファイルをバックアップ対象に出来ません。
（ユーザーが生成したファイルのみバックアップ可能というスタンス）

お手数ですが、ダウンロードフォルダから、ドキュメントフォルダにファイルを移動してから再度復元して頂くか、ファイルを次の方法のいずれかで移動してください。

１．iTunesのアプリタブから、ファイルを取り出して新しいデバイスにコピー
　（ドキュメントに入っているファイルのみアクセス可能です。必要に応じて移動してください）
http://comicglass.net/transfer/itunes/

２．MediaServerPlusをご購入頂いているのであれば、古いiPhoneでMediaServerを起動し、新しいiPhoneでダウンロードしてください。
　もしPCを使えるのであれば、両方のiPhoneでMediaServer(SMB)を起動の上、PCを使ってコピーして頂くと操作が簡単です。

３．Backup and sync機能を使ってファイルを復元してください。
　時間がかかります http://comicglass.net/sync/ja.html

パソコンからアイフォンに漫画を入れたいのですが、itunesを使わずに入れたいです。何か方法はありますか？