長らくComicglassを愛用させていただいております。

この度ipadmini2(iOS8.3)→ipadmini4(iOS9.3)に買い換えたのですが、
ファイルを開いたときの最初のページが二段階に渡って描画されます。
(上2/3が表示された後下1/3が表示される状態です。)
全てのファイルの最初のページのみ発生するのですが、
なにか設定が追加されたりしたのでしょうか？
アプリバージョンは同じですし、スペック的にはmini4のほうが上なので気になります。
ipadmini2(iOS10.1.1)でも確認されました。

回答遅くなりまして申し訳ありません。

特にそのような機能はありません。
ページ全体が表示されずスクロールが必要ということでしょうか？
もしそうでしたら、「ページ移動後のズーム」という設定項目で動作を変更できます。

もしお困りの事象、違いましたら、状況を詳しく教えて頂けますと幸いです。
よろしくお願いいたします。