3/10に iOS 4.3 へのアップデートを行ったところ、
i-FunBoxでフォルダを参照するとPhotosフォルダが消えており、Comicglassフォルダも消えてしまいました。

iOS4.3でフォルダ変更などがあったのでしょうか？
対応のほど宜しくお願いします！

ComicGlassをご利用頂きありがとうございます。

iOSのアップデートの際にphotosフォルダが削除されることがあります。（写真がある状態でiTunesの同期を行うと自動的に生成されます）

通常OSのアップデート時には全てのデータが消えますが、iTunesで自動的にバックアップが取られるため、アップデート後に消えたファイルは復元されます。
ただし、photos以下はバックアップの対象となっておりません。

お手数ですが、必要に応じてPCより再転送をお願い致します。
（出来るだけOSのアップデート前にphotos以下のバックアップをお願いします）

なお、iTunesなどを使って転送する、通常のフォルダであれば自動バックアップの対象ですのであまり意識しなくても復元されます。

申し訳ありませんがよろしくお願い致します。

返答ありがとうございました。

大変良く分かりました。