PDF化された漫画を取り込んだのですが、1ファイルずつで認識されてしまうため、JPGのように1冊分を「1冊」として認識されません。方法はありますでしょうか。

ComicGlassをご利用頂きありがとうございます。

お手数ですが、PDFを連結して一つのファイル＝１つの本となるようにしてください。
PDFのの連結はAdobe acrobatでも可能ですが、フリーのソフトも多数あるようです。
「PDF　連結」などのキーワードで検索してみてください。

よろしくお願いいたします。