いつもお世話になってます
私はいつも、
・スキャンした漫画を一冊ごとにzipで圧縮
・iTunesでiPhoneに転送
・転送後にアプリ上でシリーズごとにフォルダ分け
という手順をとっているのですが、数が多いとアプリ上でフォルダ分けの操作をするのが大変です。
あらかじめフォルダ分けした状態で転送する方法はないでしょうか。

iTunesの仕様上フォルダ分けした状態での転送は出来ないと思うのですが、
例えば一冊単位で圧縮されたzipファイルを更にシリーズ単位で圧縮した状態で転送しておいて、
アプリ上で指定したフォルダ内に展開できるようにするとか、
もしくはファイルの検索機能を付けて合致したファイルをまとめて指定したフォルダに移動、とか

需要があるか分かりませんが、検討していただければ幸いです。

ComicGlassをご利用頂きありがとうございます。

お手数おかけして申し訳ありません。
ご指摘のとおりiTunesの仕様によりフォルダの転送はできません。
シリーズなど、名前が共通するものを自動的にフォルダ扱いにする機能を検討しております。

なお、Mac版限定ですが、フォルダの名前に.pkgをつけるとアーカイブ扱いになってiTunesでも転送可能です。（元に戻すのが面倒なのであまりお勧めできませんが・・・）

よろしくお願いいたします。