ifunboxで直接iPad内へフォルダごとファイルをコピーしようと考えています。
iPadでのファイル操作が不可能な外部フォルダでなく、iTunesやmediaserverでコピーする場所へifunboxで直接コピーして普通通り閲覧やファイル操作することは可能でしょうか。
また、可能な場合、どのフォルダへコピーすればいいでしょうか。

ComicGlassをご利用頂きありがとうございます。

ComicGlassのDocumentsフォルダ以下に転送すれば認識されます。
ただし、ifunboxではこのフォルダにはアクセスできないようです。
(Mac版のiPhoneExplolerなどではアクセスできるようです）