フォルダA┬フォルダB─〜.zip
│　　　　　　60個ほど
　　　　 └フォルダC─〜.zip
20個ほど

という構成になっていて、フォルダBとCは続編になっています。
Bのファイルを全て読み終えたのでCのファイルを読み始めたのですが、Cのどのファイルを読み込んでもしおりが作成されず、「最初から読む」しか表示されません。
何が原因でしょうか？

ご不便おかけして申し訳ありません。

ご質問の件に関して明確な答えがないのですが、以下をご確認頂けますでしょうか。
1)しおりはページ移動をした後に作られます。本を開いただけでは作られません。見開き分割の場合は３ページまで移動しないとしおりが作られません
2)フォルダCの名前に特殊な文字が含まれていたり、とても長い名前だったりしませんでしょうか？
　この場合、フォルダCの名前を変更しても同様に不具合が起きますでしょうか？
3)フォルダCの中にある本を別の場所（例えばフォルダA)に移動しても同様に不具合が起きますでしょうか？

お手数おかけして大変申し訳ありませんが、もしよろしければご確認いただけると幸いです。
明確な解決策が提示できず申し訳ありません。