本の数が増えてくると、何時の間にか消えてるファイルがあります。
何階層かフォルダを潜ったとこにいれてあるものほど消えてます。
全体の使用量は半分にもみたないので空きがないからというわけでは無いはずです。
例えば雑誌を1話ごとにzipにしてるんですけど、ある程度溜まって最初から読み直そうとするといくつかが消えていたりします。

ご迷惑おかけします。

もしiOSのバージョンが5.0でしたら、5.0.1にアップグレードしてください。
問題が修正されています。