バックアップからの復元が、サブフォルダを含まず、読んだ状態は復元。
同期が、サブフォルダも含めてiPadへコピーで、読んだ状態は初期化。

こんな風になったんですけど、これが仕様ですか。

わかりづらくて申し訳ありません。
そのような仕様です。