しおりや読んだ履歴、表紙をバックアップサーバやdropboxに保存し、それをcomicglassに復元した際、別ファイルとして表示し、その別ファイルをcomicglass上でタップすればcomicglassにある本などと簡単に関連づける方法は可能ではないでしょうか？

表紙を半透明にしたり、ロゴマークをつければ分かりやすいと思います。そして結合したら一つのファイルになると良いと思います。

ご意見ありがとうございます。

iCloudとの同期などアイデアはあります。

ただ、iTunesや別の外部操作などで本の本体だけ削除した場合に備えて、設定のみ残っている場合はクリーニング処理で設定を消しています。
過去に入っていた本の履歴を（本を削除したにもかかわらず）痕跡が残ると気持ち悪いというご意見も頂いており、いい落とし所を考え中です。