現状デスクトップPCにてiTunesでPDF化した本を転送して利用させていただいてます。

そこで要望なのですが、iTunes上でフォルダの作成やフォルダ内の閲覧、指定フォルダ内への一括転送が出来るといいなぁ、と思います。
ちょこちょこ自炊しながら転送してるとそのあたりで若干の不便を感じますので・・。
（要望リストの一括ダウンロードにあたるかもしれない部分もありますが。）

っと、もうひとつ気になってしまったので新規でなくこちらへ書き込みさせて頂きますね。

PCでPDF取り込みした時点で表紙のみトリミングをして表表紙だけにしています。
本の一覧を本棚で表示させた時にトリミング前の長い表紙が表示されて、中身を開くとトリミングされた表紙画像がでます。
本棚表示がそれぞれ表〜裏表紙までの長〜い画像になってしまい、選びたい本や巻数が分かりづらいんですよね。

本を開いた時の画像はComic Glassの設定「Trimming PDF」から変更できる事と、本を開いてから「表紙に設定する」で解決できることは分かったのですが、
本棚表示でも「Trimming PDF」が適用できるとうれしいなと思います。

もう一件が「表紙に設定」を実行したあとに解除できないような気がするので表紙設定の解除などもあるといいなと思います。

容量的にiPadに全部の本を入れるわけにもいかないので出し入れするうちに細かいところが気になってきました。
使い方の問題が強いのは分かっているのですが、より使いやすいアプリになることを願って要望とさせて頂きますね。

長文失礼しました。

iTunesでの転送などはアプリ側で制御できるものではないので、要望出すならアップルにですね。
ファイル・フォルダ転送などはi-FunBoxを使うと大変楽に行えます。
http://www.i-funbox.com/

表紙設定の解除は、一括であれば『表紙を再生成する』で可能ですし、
個別に行うのであれば再度表紙の設定を行えば事足りると思うので
機能追加しなくてもいいんじゃないかなと。

ご意見ありがとうございます。

diggさんもご指摘のようにiTunesの仕様によりフォルダが転送できません。

PDFのトリミング設定については、表紙生成と若干挙動が違い混乱させて申し訳ありません。
改善を検討致します。

お返事ありがとうございます。
iTunesの仕様だったんですね。教えて頂いたi-FunBoxを試して見たいと思います。
「表紙を再生成する」についてはどこから操作すれば良いでしょうか？
しばらく探して見たのですが見つけきれませんでしたので・・・。

リスト・本棚の画面で下方向に引っ張ると出てくるリロードアイコンがそれです。