細かい発生条件は不明なのですが、
ComicGlassで画面左を下くるように横画面でロックしている状態で、本来ならステータスバーが表示されているところから通知センターが出なければならないところですが、左から通知センターが現れます。
ちなみにOS側のロックもかけている状態です。

しかし、一度両方のロックを解除し、正常に通知センターが出る様にリセットした後は先ほどと同じく両方にロックをかけても正常に動作していました。
印象としてはしばらくそのままで使っているとそのうち横から通知センターが出る様になっていた気がします。

中途半端な報告で申し訳ありませんが、どうぞよろしくお願いします。

ご報告ありがとうございます。

もしかするとiOS側の不具合かもしれません。
ちなみにOSバージョンはいくつでしょうか？

記入漏れ、申し訳ありません。

iPhone 4S iOS 6.0です。

また言い忘れてしまいましたが、ComicGlassのバージョンは4.91です。

それとたった今、同じバグがでたのですが、ComicGlassを起動した一瞬、横画面に固定していたはずが縦にステータスバーが表示されていました。

役に立つかわかりませんが、画像をアップしておきます。
スクリーンショットが撮れなかったので、少し見づらいかも知れません。

https://www.dropbox.com/s/9vqhg1a3ndf5270/Picture%201.jpg

何度もすいません。

大まかな発生条件がわかったので、報告させていただきます。
ComicGlassは横でロック、OS側もロックした状態で、初めてComicGlassを起動した時は正常ですが、起動させたまま別のアプリから切り替えるたりすると横から通知センターがでるようになってしまうようです。
ComicGlassを終了させ、新たに起動した時はまた正常の動作に戻ります。

ComicGlassかOSの問題かはわかりませんが、可能ならばバグの修正よろしくお願いします。

詳細なご報告ありがとうございます。

検証してみます。
お時間をとって頂き本当にありがとうございます。