本を開いた時に自動で青い付箋(しおり？)のようなものがつくのですが、これは何でしょうか？
また、削除方法を教えて下さい。
よろしくお願いします。

本棚で最後に開いた本をマークする履歴設定ですね。
アプリを起動(もしくは本棚を移動)したときに、どの本まで読んだかを
分かるようにするためにあるんだと思います。

削除はフォルダを新規に作成して本を全て移動して元のディレクトリを削除するか、
i-FunBoxなどで履歴設定ファイル(.history.cgs)を直接削除するしかないと思います。

/App ファイル共有/ComicGlass/Documents/[本のフォルダ名]/.history.cgs
※本を開いたら、また作成されてしまいますけどね。

ミケさんご回答ありがとうございます。