宅内のHTTPサーバをMedia Server登録し、自炊JPEG+zip圧縮データをダウンロードしているのですが、一度に数十冊など大量のデータをダウンロードすると、途中で転送速度が急に落ちます。（1冊約40〜50MB程度で、25〜40冊あたりの間で発生するような気がしています）
拙宅ではだいたい2.3MB/s程度なのですが、この現象が発生すると約150KB/s程度まで急落します。
この状態になると、一度スリープさせてホームボタン押下で復帰すると転送速度が戻るので、いつもこうして回避しているのですが、これはiOSに起因する現象でしょうか？
現在はiOS 6.0ですが、5.0の頃でも発生していました。
また、同じWiFi環境で他に接続しているPCやAndroid機器では、転送中の速度低下は発生していません。
（環境）
iPod touch 第4世代 32GB（MC544J）
iOS: 6.0.1
ComicGlass version 5.00
WiFiルータ: ATerm WR7870S (11gで接続）

不具合のご報告ありがとうございます。

詳細は不明なのですが、iPod touchでは長い間操作がないと、Wifiの接続が切れたり、遅くなったりすることがあるようです（省電力のためかもしれません）

また、802.11bが有効になっていると、電波状況が悪化した際にそちらで接続されてしまい、速度が低下することがあるようです。
もし802.11bを有効にしていて、他の機器で利用することがないのであればWifiアクセスポイントの設定でオフにしてみてください。

明確なお答えができず申し訳ありません。